どちらも100点満点の装置とは言えませんので、私の考えるメリット・デメリットをご説明します。マウスピース矯正のメリットは半透明で目立ちにくいということがアピールされることが多いですが、痛みの点でワイヤー矯正と比較して有利となります。ワイヤー矯正もマウスピース矯正の通院頻度は月に1回程度が多いかと思います。ワイヤー矯正の場合は1ヵ月分の矯正力を一度に歯にかけることになります。マウスピース矯正の場合は7日毎に新しいマウスピース装置に交換していきますので、ワイヤー矯正で感じる痛みを4分割にできるイメージとなります。また取り外しができるという点で、食事・歯磨きがし易いため、むし歯になりやすい方におすすめの矯正装置となります。デメリットとしては、取り外しができることでマウスピースを装着していただけなければ歯は動かない、つまりサボってしまうと良い治療結果が得られなくなってしまうということです。
ワイヤー矯正のメリットとしては、歯科矯正装置（ブラケット・ワイヤー）と歯が接着剤で固定されているため歯科医師のイメージ通りに歯を移動させやすいことがあげられます。
デメリットとしては、歯磨きが難しいことや痛みが強いこと、装置が外れて予定外にクリニックに行く回数が多くなりやすいことがあげられます。